Pondok Pesantren Al Barokah Malang merupakan pesantren ketiga yang didirikan oleh seorang kiai muda kelahiran Blitar, Jawa Timur, KH.Muhammad Maliku Fajri Shobah, Lc,. M.Pd. Setelah lulus dari Universitas Al Ahqof, Yaman, beliau melanjutkan pendidikan program magister di Universitas Islam Negeri (UIN) Maulana Malik Ibrahim Malang. Pada saat itu beliau dipilih menjadi ketua para pengurus Ma’had (asrama) UIN Malang.Di sanalah beliau mengenal banyak penghafal Quran dari kalangan mahasiswa.

Berawal pada tahun 2015, berdirinya pondok pesantren pertama dilatar belakangi oleh permintaan dan saran dari berbagai pihak di antaranya beberapa Mahasiswa UIN Malang yang tergabung dalam Hai’ah Tahfizh Quran (HTQ) kepada pendiri yang juga merupakan dewan pengajar qiro’ah sab’ah di HTQ untuk memfasilitasi mahasiswa yang sudah keluar dari ma’had kampus agar tetap dapat menjaga hafalan Quran di sebuah pesantren atau ma’had.

Sang pendiri mulai merintis tempat untuk mewadahi mahasiswa penghafal al-Quran bernama Mahad Tahfidz Billingual (MHB) yang terletak di daerah Merjosari. Pada saat itu, Kiai Shobah masih seorang mahasiswa program magister yang belum bekerja, berbekal keyakinan dan ikhtiar semampunya, beliau nekat mengontrak sebuah rumah yang terletak di daerah Merjosari tak jauh dari kampus UIN Malang dan sebagian besar santrinya adalah mahasiswa Fakultas Humaniora.

Tahun berikutnya, minat mahasiswa semakin meningkat hingga akhirnya beliau memutuskan untuk mendirikan ma’had kedua dengan mengontrak sebuah rumah di jalan Candi Badut. Allah ringankan pembiayaan dengan jalan mempertemukan beliau dengan kerabatnya yang memiliki rumah kos. Kemudian pondok kedua ini diberi nama Ma’had An-nur, diambil dari nama pesantren tempat pendiri menempuh ilmu agama selama 7 tahun sekaligus menyelesaikan hafalan 30 juznya kepada KH. Nawawi Abdul Aziz, Bantul, Yogyakarta.

Ma’had An-nur ini lebih dikenal dengan Yadrusu yang merupakan singkatan dari Yayasan Badrushobah Al-Husaini dan saat ini beralamatkan di Jalan Soekarno Hatta, Kota Malang di bawah asuhan rekan seperjuangan beliau, Ustadz Badrun.

Seiring berjalannya waktu, sang pendiri terus berinisiatif untuk dapat mendirikan wadah bagi para mahasiswa penghafal Quran yang berstatus pondok pesantren sehingga dapat menampung lebih banyak santri tanpa mengontrak. Akhirnya dengan ikhtiar lahir batin yang sudah dilakukan, tanah yang sempat menjadi tempat berdirinya pabrik kompor di dekat Situs Watugong peninggalan Kerajaan Kanjuruhan Malang menjadi pilihan terbaik mendirikan pondok pesantren Al Barokah.

Kisah berdirinya pesantren ini bukan berarti tidak diwarnai dengan lika-liku yang kompleks, sang pendiri yang merupakan alumni Timur Tengah (Universitas Al-Ahqaf, Yaman) sempat mendapatkan fitnah dari masyarakat sebagai seseorang yang akan menyebarkan ajaran sesat dan radikal ketika pertama kali menginisiasi MHB hingga nyaris ditutup oleh masyarakat sekitar, namun seiring berjalannya waktu spekulasi masyarakat dapat dipudarkan.

Tak berakhir sampai disitu saja, suka duka sejarah berdirinya Al-Barokah diwarnai dengan berbagai hal lain diantaranya adalah kurang tersedianya dana untuk membeli tanah dan biaya pembangunan seharga dua miliar seratus juta rupiah dengan tenggat waktu yang amat singkat. Sedangkan waktu itu, posisi Kiai Shobah merupakan seorang pengajar honorer yang penghasilannya hampir tidak cukup untuk biaya hidup beliau dan istrinya.

Berbekal keyakinan atas pertolongan Allah, banyak hal yang datang turut membantu melancarkan pembangunan pesantren, semua tantangan terlewati dan pada Bulan September 2017 berdirilah Pesantren Mahasiswa Al-Barokah yang sementara ini menjadi tempat belajar khusus putri dan kebanyakan merupakan mahasiswa dari beberapa kampus di Kota Malang.

Pesantren ini memiliki beberapa program unggulan yang ditawarkan, di antaranya Tahfizhul Quran (menghafal Quran), Tahsinul Quran (memperbaiki bacaan Quran) dan Qiro’ah Sab’ah. Terletak di Jalan Kanjuruhan IV No. 16, Tlogomas, Kecamatan Lowokwaru, Kota Malang. Pesantren ini didirikan pada tanggal 3 September tahun 2017 oleh KH.Muhammad Maliku Fajri Shobah, Lc,. M.Pd. dan sekaligus menjadi pengasuh bersama istrinya, Ny. Jauharotul Maknunah, S.Psi.

Sistem pendidikan Islam moderat dipilih untuk membekali Para Santri yang juga merupakan Mahasiswa dari beberapa kampus sehingga dapat menjadi bekal membentengi diri dari ajaran-ajaran radikal.

Manhaj aqidah Ahlus Sunnah wal Jama'ah (ASWAJA) adalah ajaran yang dijadikan dasar untuk membekali para santri yang mayoritas merupakan Mahasiswa dari beberapa kampus di Kota Malang. Sehingga diharapkan mampu mencetak santri yang menjunjung tinggi nilai-nilai ASWAJA di antaranya At-Tawassuth (sikap moderat), At-Tawazun (seimbang dalam segala hal), Al-I’tidal (bersikap lurus dan adil), Tasamuh (menghargai perbedaan/toleransi), dan Amar Ma’ruf Nahi Munkar (memiliki kepekaan guna mendorong perbuatan baik dan menolak kebatilan).

Selain itu, pondok pesantren ini, bermadzhab fiqih Imam Asy-syafi'i, Manhaj Tasawuf Imam Al -Ghazali dan Ibnu Athoillah Assakandariyah dan lain-lain. Manhaj firqoh Al Asy'ariyah wal Maturidiyah serta Thariqah yang Mu'tabarah.

Sanad Al-Quran di pesantren ini tersambung melalui jalur dari 2 Ulama Quran Indonesia sekaligus, Yaitu KH. M. Munawwir Krapyak Jogjakarta dan KH. Munawwar Sidayu, Gresik.

Terdapat program khusus bagi santri yang telah menyelesaikan hafalan 30 juz yaitu qiroah sab’ah dan asyaroh. Qiro'ah sab'ah dan asyaroh selain sanadnya sambung kepada KH.M. Munawwir krapyak juga bersambung kepada para ahli qurro' di Tarim, Hadramaut, Yaman.

Didukung dengan para pengajar (muallim) yang ahli di bidangnya, Pondok Pesantren Al Barokah berupaya mencetak santri yang berakhlak mulia, berwawasan keagamaan yang baik, dan siap mengabdi untuk agama, bangsa, dan negara.

Sebagai model pondok pesantren mahasiswa, Al Barokah hadir memberikan solusi kepada santri yang didominasi oleh mahasiswa sehingga dapat meneyimbangkan setiap kegiatan dan kewajiban yang diamanahkan.

Seiring berjalannya waktu, pondok pesantren Al Barokah dengan keikhlasan dan idealisme pendirinya, lembaga ini terus berupaya untuk meningkatkan mutu pendidikan, pembangunan dan perawatan fisik bangunan, dan mempersiapkan santri yang siap menghadapi tantangan zaman kedepan. Pesantren ini terbuka bagi siapa saja yang mempunyai keinginan (niat) untuk mempelajari, menghafal, dan mengamalkan Al-Quran.